Der Flugplatz Schleissheim e.V. wurde am 14. Dezember 2001 von den am Flugplatz ansässigen Fliegervereinen gegründet:

1. Aero Club München e.V.
2. Ikarus Luftsportclub Schleißheim e.V.
3. Luftfahrtgemeinschaft Oberschleißheim e.V.
4. Luftsportverein Lilienthal e.V.
5. MBL e.V.
6. Red Baron Flying Club e.V.

Die Fliegervereine wurden jeweils vom ersten Vorsitzenden vertreten. Um den gesetzlichen Bestimmungen zu entsprechen, hat Günter Wels als siebtes Gründungsmitglied an der Versammlung teilgenommen. 

Der Zweck des Flugplatz Schleissheim e.V. ist in der Satzung unter § 2 Zweck unter anderem wie folgt festgeschrieben:

1. Der Zweck des Vereins ist die Förderung des Flugsports, insbesondere des Segelfluges, dadurch, dass der Verein als Halter im Sinne des § 6 des Luftverkehrsgesetzes, in der Fassung vom 27.03.1999 BGBI I 550, den Sonderlandeplatz in Oberschleißheim für Zwecke des Luftsports betreibt.
   
   
2. Der Verein verfolgt damit ausschließlich unmittelbar gemeinnützige Zwecke im Sinne des Abschnittes "Steuerbegünstigte Zwecke" der Abgabenordnung. Der Verein ist selbstlos tätig; er verfolgt keine eigenwirtschaftlichen Zwecke. Mittel des Vereines dürfen nur für die satzungsgemäßen Zwecke verwendet werden.

Am 12. Juni 2002 wurde der Flugplatz Schleissheim e.V. durch das Amtsgericht unter Nummer VR 17529 in das Vereinsregister München eingetragen. Sitz des Vereins ist Oberschleißheim. Der Verein wurde vom Finanzamt München für Körperschaften unter Nr. 143/214/30601 (bis 16. November 2006 Nr. 843/13359) als gemeinnützig anerkannt.

Mit dem Flugplatz Schleissheim e.V. erlangten die Oberschleißheimer Luftsportler endgültig eine offizielle Organisation, deren praktische Aufgabe die Durchführung des Flugbetriebs auf dem Sonderlandeplatz Oberschleißheim in Namen aller Vereine darstellt. Darüber hinaus vertritt der Flugplatz Schleissheim e.V. die Belange seiner Mitglieder (Vereine) den Flugplatz betreffend nach außen, z. B. gegenüber Behörden und der Kommune sowie den anderen Nutzern des Flugplatzgeländes in Oberschleißheim. Ein weiteres Ziel ist die Sicherung des Flugplatzes durch Erwerb des Geländes und der Gebäude.

Zusammen mit seinen Mitgliedern (Vereine) organisiert der Flugplatz Schleissheim Luftfahrtveranstaltungen, z.B. im Jahr 2003 ein bayerisches Jugendvergleichsfliegen und mehrere Segelfluglehrer-Lehrgänge. Zusammen mit der Flugwerft Schleissheim des Deutschen Museums wurden 2003 der Flugbetrieb der Jubiläumsflugtage aus Anlass des 100-jährigen Bestehens des Deutschen Museums geplant und durchgeführt. Außerdem in den Jahren 2004, 2005 und 2006 ein Oldtimer Fly-In. 

Die Hochwasserkatastrophe im Sommer 2002 im Osten Deutschlands führte zu einer durch den Flugplatz Schleissheim in Zusammenarbeit mit der Stadt Unterschleißheim initiierten Spendenaktion, bei der den Betroffenen ein stattlicher Betrag zur Verfügung gestellt werden konnte.